Για τον Παναίτιο ο κόσμος δεν είναι ζωντανός οργανισμός, αλλά είναι αιώνιος. Ο θεός βρίσκεται στον αιθέρα, δηλαδή στην σφαίρα των απλανών. Η Ψυχή είναι ζωντανός οργανισμός και διακρίνεται σε έξι μέρη. Από αυτά το σπερματικόν ανήκει στη φύση ενώ η φωνή είναι το ίδιο το ηγεμονικόν στην πράξη. Ως προς την ηθική ορίζει το «τέλος» της ζωής ως ζην «κατά τας δεδομένας ημιν εκ φύσεως αφορμάς», ζητά δηλαδή την πλήρη ανάπτυξη των φυσικών δυνατοτήτων του ανθρώπου, σύμφωνα με τους γενικούς κανόνες της ανθρώπινης φύσεως αλλά και τον ανθρώπινο χαρακτήρα.
