Ο Κλεισθένης καταγόταν από το γένος των Αλκμεωνιδών και ήταν γιος του Μεγακλέους, αρχηγού των Παραλίων, δηλαδή της μεσαίας τάξης. Ο Μεγακλής εξορίστηκε μαζί με ολόκληρη την οικογένειά του από την Αθήνα όταν ο Πεισίστρατος επέβαλε την τυραννίδα του. Μητέρα του Κλεισθένους ήταν η Αγαρίστη, θυγατέρα του επίσης Κλεισθένους, τυράννου της Σικυώνος.
Οταν ο Πεισίστρατος έγινε τύραννος της Αθήνας εξόρισε τους Αλκμεωνίδες μαζί με άλλους αντιπάλους του. Μετά τον θάνατο του Πεισιστράτου, το 527 π.X., και την προσπάθεια των δύο γιων του και διαδόχων του, του Ιππάρχου και του Ιππία, να προσδώσουν στο τυραννικό καθεστώς κάποια νομιμοφάνεια, ο Κλεισθένης επέστρεψε στην Αθήνα και εξελέγη επώνυμος άρχων. Λίγα χρόνια
